Авторизация / Регистрация

[Programma_Boinc]

Проект WCG останавливается в связи с миграцией в новый дата-центр.

https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=757

В течение 17 лет инфраструктурную поддержку проекта осуществляла IBM, однако 2 марта 2022 г. она будет прекращена.

Теперь проект будет "вести" (и финансировать) Krembil Research Institute, Торонто, Канада.

Сроки намечены следующие:

14 февраля прекращается отправка новых заданий,

27 февраля будет прекращен прием посчитанных заданий от пользователей,

28 февраля сервера (в т.ч. и web-сервер проекта) будут остановлены,

примерно 1.5 месяца займет процесс миграции: копирование ПО и баз данных, тестирование нового оборудования и развертывание проекта на нем,

22 апреля 2022 г. проект должен быть переведен в активный режим.

Удачи проекту в этом нелегком и муторном процессе (как известно, 1 переезд = 1/2 пожара).

Будем надеяться, что все закончится благополучно. Ну а там поглядим, как новый владелец себя покажет. Возможно, направление новых исследований станет "еще более медицинским" (хотя, вроде, и так уже дальше некуда: всего 1 климатический проект остался).

[ReindeeR]

Да всё это очень важно

[Programma_Boinc]

Milkyway@Home: новый результат N-Body!

Мы измерили первоначальную форму и массу карликовой галактики, которая была разорвана на части, чтобы образовался Поток Орфан-Ченаб!

Статья вышла сегодня: https://iopscience.iop.org/article/10.3847/1538-4357/..

Эрик Мендельсон был ведущим автором этого исследования.

Профессор Хайди Джо Ньюберг сняла 14-минутное видео, объясняющее эту тему, здесь: https://www.youtube.com/watch?v=ma44b8-SLcA, а также более длинное 24-минутное видео с дополнительной информацией: https:// www.youtube.com/watch?v=eATUWTwdOgc

Спасибо всем нашим волонтерам за то, что помогли сделать это возможным!

Мы серьезно ценим вклад, который вы все вносите в этот проект.

Без вас мы бы не смогли найти темную материю в Млечном Пути!

[ReindeeR]

Сообщение от Programma_Boinc:

Без вас мы бы не смогли найти темную материю в Млечном Пути!

[Programma_Boinc]

Графическое изображение спектров числа интеркалятов в ОДЛК

Графическое изображение спектров числа интеркалятов в ОДЛК теперь доступно онлайн: http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...alates_all.png . Ничего принципиально интересного данные спектры не несут (в отличие, например, от спектров числа трансверсалей в ДЛК четного порядка). Единственным исключением можно считать спектр ДЛК 8-го порядка, в котором почти все значения четные (кроме единственного исключения — 11). Соответствующие подтверждающие списки теперь доступны онлайн:
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe..._n4_1_item.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe..._n5_1_item.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...n7_3_items.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...8_26_items.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...9_55_items.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...nown_items.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...nown_items.txt
* http://evatutin.narod.ru/spectra/spe...nown_items.txt

[Programma_Boinc]

Интервью с командой Help Stop TB (Машинный перевод)

Уважаемые волонтеры, Команда Help Stop Tuberculosis сотрудничает с World Community Grid уже почти шесть лет и благодаря вам добилась жизненно важных результатов исследований. Мы надеемся, что вы найдете эту статью в стиле интервью информативной и ответите на все вопросы, которые могут у вас возникнуть об их исследованиях!


На что направлен ваш проект?


Наш проект направлен на изучение структурных и организационных свойств миколовых кислот: очень длинных жирных кислот, являющихся неотъемлемой частью лекарственной устойчивости туберкулеза. Миколиновые кислоты намного длиннее многих других липидов, что позволяет им складываться в сложные структуры, чего не может сделать обычная жирная кислота. Бактерии Mycobacterium tuberculosis используют эти сложные структуры для создания почти непроницаемой клеточной стенки, собирая миколовые кислоты вместе, как кусочки головоломки, не позволяя лекарствам и нашим иммунным клеткам эффективно выполнять свою работу.


Мы создаем симуляции складывания миколовых кислот с течением времени, чтобы наметить их поведение при складывании и понять, как формы, которые они принимают, изменяют свойства, которые они демонстрируют, однако для этого нам необходимо создать сотни потенциальных комбинаций различных кислот при различных температурах и растворителях. Именно здесь необходима World Community Grid, поскольку такие крупномасштабные симуляции и анализ были бы невозможны без помощи множества добровольцев, обеспечивающих вычислительную мощность.


Наша работа имеет ряд захватывающих потенциальных применений в будущем: во-первых, понимание того, как миколовые кислоты укрепляют клеточную стенку, позволит разработать более обоснованный дизайн лекарств. Если мы знаем, как это работает, мы можем узнать, как это сломать! Во-вторых, мы можем использовать знания, полученные о миколовых кислотах, для разработки наших собственных устойчивых клеточных стенок (например, в промышленных микробах, чтобы сделать их более устойчивыми) и, в более широком смысле, для исследования других очень гибких и «гибких» молекул.


Как на проект повлиял период простоя WCG?


Время простоя позволило нам консолидировать данные, рассчитанные WCG до сих пор, и позволило нам продолжить разработку идей для новых аспектов исследования, включая наш собственный «параметр покачивания» для описания гибкости молекул. У нас также был неотъемлемый и ценный член команды, Кристоф Ягер, который оставил проект ради новых пастбищ, поэтому мы тщательно планировали наши следующие шаги, чтобы справиться с этой потерей.


Чего достигли ваши исследования на данный момент?


Благодаря помощи волонтеров у нас есть один из самых больших гибких наборов данных молекулярной динамики, и мы добились быстрого прогресса в понимании очень сложных динамических систем. Это открывает новые возможности для машинного обучения и дает разные точки зрения на проблему кластеризации данных, которая в настоящее время является серьезной проблемой. Это предлагает нам потенциал для новых взглядов на другие интересные химические системы, которые до сих пор было трудно анализировать из-за их динамики, такие как внутренне неупорядоченные белки.


Что могут сделать волонтеры?


Мы ценим поддержку и энтузиазм волонтеров на форумах — моральная поддержка бесценна, когда наука становится сложной. Волонтеры всегда могут помочь, когда они повышают осведомленность сообщества о ценных проектах WCG и их более широком влиянии. Это особенно важно для нашего проекта, поскольку мы наблюдаем возрождение туберкулеза во всем мире на фоне пандемии COVID. Здесь ключевое значение имеет информирование о том, насколько опасной может быть болезнь, почему мы наблюдаем устойчивость к антибиотикам и важность глобальных программ вакцинации.
Планируются ли какие-либо расширения или новые проекты в ближайшем будущем?


На основе новых аналитических инструментов, которые мы разрабатываем с текущим набором данных, мы рассматриваем возможность расширения наших молекул до патогенетически важных факторов корда — важных с медицинской точки зрения производных миколовых кислот, которые мы уже рассматривали. Это даст дополнительное представление о том, как химическое соединение миколовых кислот меняет их поведение, и позволит нам дальше развивать наши идеи о моделях клеточных стенок для туберкулеза.


Спасибо доктору Анне К. Крофт за ваш вклад, а также всей команде HSTB за их участие в построении лучшего мира.


Оригинал статьи: https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=776

[Programma_Boinc]

Подпроект Generalized symmetries in parastrophic slices for DLS of order 10

В подпроекте Generalized symmetries in parastrophic slices for DLS of order 10 проекта RakeSearch (https://rake.boincfast.ru/rakesearch/) в тестовом режиме запущен новый эксперимент, целью которого является продолжение разведки ОДЛК порядка 10 в окрестностях обобщенных симметрий в парастрофических срезах. Напомню, что до этого были обработаны срезы 1 и 3, впереди еще 4 среза, сейчас в обработку добавлен срез номер 2. Отличий данного эксперимента от предыдущих несколько.

1. WU'шки данного эксперимента укрупнены: примерно 100 WU'шек прошлого эксперимента равны одной WU'шке текущего.

2. Улучшена обработка окрестностей симметрий, где очень мало ДЛК (в них потенциально можно найти что-то редкое и интересное).

3. Есть прогресс, линейный, чекпоинтов нет, время счета WU'шки около 1 часа, иногда чуть больше, иногда чуть меньше, что определяется свойствами окрестности (числом ДЛК и сложностью их формирования). Есть подозрение, что время обработки некоторых окрестностей может быть раз в 10 больше, но это в теории, посмотрим, что будет на практике, пока таковых не попалось.

Сейчас в обработке находятся первые 10 симметрий с кодами 2-(0,0) ... 2-(0,9), ведутся логи, в принципе почти все работает. После завершения расчета текущей партии WU'шек ведение логов будет убрано, расчет пойдет в боевом режиме. До этого при обработке срезов 1 и 3 WU'шки были маленькие и их было много из-за того, что изначально планировалась разведка на удалениях M=50 и M=60, от которой позже было принято решение оказаться за ненадобностью (вычислительного времени требуется много, выход интересных редких КФ ОДЛК не сильно отличается от обычного случайного поиска или поиска по линейкам), сейчас для разведки остались только удаления M=70 и M=80.

Меньшее число WU'шек сильно экономит время на их генерацию и постобработку, что позволит снять нагрузку и с сервера проекта, и с винтов на моих машинах, и разгрузить меня лично :), т.к. за этим процессом надо следить. Для обработки результатов написан новый постобработчик, который во многом автоматизирует данную процедуру (сперва было не совсем понятно, что и где надо смотреть, потом, когда стало понятно, не было времени, сейчас звезды наконец сошлись и все идеи воплощены в коде).

Самое главное, что при работе проекта с несколькими подпроектами (или, что почти то же самое, но со стороны кранчера: счете нескольких проектов параллельно) маленьким WU'шкам достается мало вычислительного времени, что здорово растягивает срок данного эксперимента (срез номер 3 мы считали около 2 лет). С большими WU'шками дело должно пойти быстрее, правда другие подпроекты немного лишатся вычислительных мощностей...

По итогам эксперимента ожидается перечень редких комбинаторных структур из ОДЛК порядка 10 (полный перечень см. тут: http://evatutin.narod.ru/evatutin_ls_all_structs_rus..., новых не было очень давно со времен анализа окрестностей 1-(1,31) и 1-(4,31)).

Кроме того, также по результатам эксперимента ожидается пополнение перечня обобщенных симметрий в ОДЛК, который формируется в настоящее время в один поток на моей машине.

На данный момент найдено 27 различных типов обобщенных симметрий и 2862 типа в парастрофических срезах (см. http://evatutin.narod.ru/odls_gen_symms/n10_odls_symm..), обработаны 6 партий КФ ОДЛК из 10, обработка идет со скоростью примерно 3 суток на одну партию. Известные обобщенные симметрии в обрабатываемом 2-м срезе в настоящее время выглядят так, как показано на рисунке. Считаем...

[Programma_Boinc]

Boinc и добровольцы в помощниках

[ReindeeR]

тут все слишком тупые для этого
Што ваще это за херня на картинках

[Programma_Boinc]

AMD Ryzen 7000 на Zen 4 Raphael в распределённых вычислениях Boinc.
08.01.2022

Несмотря на то, что десктопные чипы AMD Ryzen 7000 на архитектуре Zen 4 выйдут на рынок не раньше второй половины года, их инженерные образцы уже обнаружены в деле.

Причём использовались они не для майнинга криптовалют, а работали в сети добровольных распределённых вычислений Boinc.

Две модели серии AMD Family 25 на архитектуре Zen 4 Raphael обнаружились на веб-сайте проекта распределённых вычислений MilkyWay@Home, в рамках которого добровольцы предоставляют свои домашние машины для обработки астрофизических данных. В базе отметились два наименования чипов с разными OPN-кодами (маркировками моделей), один 8-ядерный и один 16-ядерный:

AMD Eng Sample: 100-000000665-21_N [Family 25 Model 96 Stepping 0] — 16 ядер / 32 потока;

AMD Eng Sample: 100-000000666-21_N [Family 25 Model 96 Stepping 0] — 8 ядер / 16 потоков.

Несмотря на то, что одна из позиций в описании чипов значится как «число процессоров», в реальности речь идёт не о ядрах, а о потоках.

К примеру, напротив 16-ядерного Ryzen 9 5950X в базе указываются 32 «процессора».

Напротив пункта «Cache» для обоих чипов семейства Raphael стоит значение 1024 кБайт, и это в два раза больше, чем кеш L2 у процессоров на Zen 3 Vermeer. Системы с новыми чипами подключились к сети анонимно, и не совсем понятно, с какой целью их использовали в данном проекте, поскольку добровольные распределённые вычисления MilkyWay@Home на платформе BOINC едва ли можно назвать надёжным бенчмарком.

Напомним, релиз процессоров AMD Raphael ожидается во второй половине года. Они будут работать на полностью новом сокете AM5/LGA1718 с поддержкой DDR5 и PCIe Gen5.

Недавно компания также уверила, что платформа AM5 будет поддерживаться долго — во всяком случае, не меньше, чем AM4.
https://boinc.ru/forum/
http://videocardz.com

[Programma_Boinc]

MLC@Home: MLC@Home временно отключается, и спасибо!

[Братц в Париже_renamed_1491939_29112025]

Сообщение от Programma_Boinc:

и спасибо!

Пожалуйста

[astr]

Мне нужен человек, которому было бы интересно освоить вычисления, связанные с трофическими взаимоотношениями между растением и животным.
вот такие например
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/...111/ecog.00983
Но не в общем, а в конкретном случае 1 вид растения и на нем 1 специализированное странно питающееся насекомое. Надо посчитать как меняется численность насекомого и семенная продуктивность растения и объяснить какие конкретно показатели учитывать на растении и животном, чтобы я уже объяснила задачу самому низкому звену пока они еще не разбежались с наших зарплат.
Денег не дам, нет их у меня, в перспективе возможны какие-нибудь денежки если повезет грант выиграть, но возможна если чтото получится, совместная публикация.

[Programma_Boinc]

Интеллектуальные информационные системы: тенденции, проблемы, перспективы (ИИС — 2022)


Опубликован сборник трудов конференции Интеллектуальные информационные системы: тенденции, проблемы, перспективы (ИИС — 2022), которая проходила на нашей кафедре в сентябре в онлайн-формате. В нем есть 2 работы с моим участием, имеющие отношение к латинским квадратам и расчетам, выполняемым в настоящее время в проекте добровольных распределенных вычислений RakeSearch.
Мальков В.В., Ватутин Э.И. Построение псевдотроек ДЛК порядка 10 с использованием метода случайного перебора // Интеллектуальные информационные системы: тенденции, проблемы, перспективы (ИИС — 2022). Курск: изд-во ЮЗГУ, 2022. С. 113—116. http://evatutin.narod.ru/evatutin_dls_pseudotriples.pdf
Ватутин Э.И., Титов В.С., Пыхтин А.И., Крипачев А.В., Никитина Н.Н., Манзюк М.О., Альбертьян А.М., Курочкин И.И. Эвристический метод построения аппроксимаций спектров числовых характеристик диагональных латинских квадратов // Интеллектуальные информационные системы: тенденции, проблемы, перспективы (ИИС — 2022). Курск: изд-во ЮЗГУ, 2022. С. 35—41. http://evatutin.narod.ru/evatutin_dl...tra_method.pdf
В первой работе приведена классификация псевдотроек из ЛК/ДЛК порядка 10 на 3 типа и проведен соответствующий данной проблематике обзор литературы. С использованием метода случайного перебора получена псевдотройка типа 3 из трех попарно частично ортогональных ДЛК с характеристикой ортогональности (ХО) 229 из 300. Далее выполнявший работу студент вырос (защитил бакалаврскую) и улетел, а работу можно было бы продолжить как более интеллектуальными методами, так и с большей степенью параллелизма расчетного кода с целью получения большего значения ХО...
Во второй работе приведено описание эвристического метода, базирующегося на построении окрестностей ДЛК и позволившего (в совокупности с диагонализацией) получить рекордные мощности ряда спектров для ДЛК порядков N>9. Эксперимент, который в настоящее время готовится к запуску в RakeSearch совместно с hoarfrost'ом, как раз базируется на применении этого метода в совокупности с использованием различных опорных спектров.

[Programma_Boinc]

Проект iNaturalist

[Programma_Boinc]

А вот мой realme C21Y участвует в распределенных вычислениях программы Boinc.

[Programma_Boinc]

Национальный Суперкомпьютерный Форум 2022

На Национальном Суперкомпьютерном Форуме 2022, в Zoom-секции "ИИ и машинное обучение" был озвучен доклад Александра Альбертьяна на тему о генерации латинских квадратов на ПЛИС. При этом был представлен реально работающий образец устройства.

http://altera.ru/sbis-pl-cyclone-V.html

Главное преимущество (как я понял - очень быстрая работа, но об это лучше расскажут разработчики).

В данном случае использовалась ПЛИС Altera Cyclone V, на плате с которой, дополнительно был установлен небольшой экран для вывода основной информации о ходе вычислений.
Ниже фотографии как самого докладчика, так и устройства. Так же приведены скрины отладочных экранов и ссылка на видео с ходом вычислений.

https://disk.yandex.ru/i/uS5WANyk82QfIQ

Система работает на частоте 66МГц, так как схема асинхронная.

4% ПЛИС заняла статистика.

Генерировались квадраты 9-го порядка.

Как видно на экранчике скорость генерации порядка 66,5 миллионов квадратов в секунду.

P.S.

1. Кому интересна эта информация по этой теме, задавайте вопросы. Автор обещал зайти и подробно ответить.

2. Кроме того, какие-то пояснения сможет дать Э.Ватутин (я думаю), так как его программа "крутилась" на этом устройстве.

3. Организаторы обещали выложить запись Zoom-докладов, но только через 2-3 недели. Что довольно печально.

https://boinc.ru

Цитата:

boinc.ru

YouTube

- человеки - ни%я не понимают, но что-то там высчитывают охулиарды раз, авось рандом ляжет так, что получится нечто

существование интернетов уже доказало, что даже 10ккк обезьян отбалды потыкивая в клавиатуру не напишут Войну и Мир

[Programma_Boinc]

[Programma_Boinc]

Распределеннаядиагонализация.


В комбинаторике есть понятие т.н. "комбинаторноговзрыва", когда с ростом размерности задачи ее вычислительная сложностьрезко возрастает и применение ряда методов, работавших до этого для малыхразмерностей, становится невозможным из-за необходимости огромныхвычислительных затрат. На примере решаемых в настоящее время задач, связанных спостроением спектров, данная ситуация для диагонализации и поквадратного обходаокрестностей начинает проявляться на размерности N=13. И если диагонализациюеще можно реализовать по частям (что и было сделано), то поквадратный обход дляданной окрестности уже невозможен (приблизительная оценка необходимыхвычислительных затрат — 80 лет в проекте), следовательно, мы пойдем другимпутем :).


В решаемых в настоящее время задачах, связанных с построениемспектров, диагонализация применяется совместно с анализом окрестностей ипозволяет как увеличить мощность результирующего спектра, так и сдвинуть еговерхнюю и нижнюю границы в ситуациях, когда спектр близок к пределу и просто обходомокрестностей границы уже не сдвигаются (это не единственное применениедиагонализации, остальные пока оставим в стороне). Для размерности N=12диагонализация уже выполнялась от нескольких часов до нескольких десятков часовна квадрат (для рекордсмена по числу трансверсалей — более недели в 1 поток намоей машине), для текущей размерности N=13 самые легкие квадраты будутдиагонализироваться несколько часов, тяжелые — до нескольких месяцев, чтонеприемлимо. Поэтому, пользуясь свободным временем, в коде был реализованраспределенный вариант диагонализатора, который давно созрел в голове и ждал,когда же его наконец реализуют... 🙂


В двух словах диагонализация выполняется следующим образом: измножества трансверсалей ЛК находятся подходящие пары трансверсалей, по которымпроизводится ряд целенаправленных перестановок строк и столбцов исходного ЛК сцелью получения результирующего ДЛК с интересными свойствами, что сильнобыстрее (на много порядков) лобовой перестановки всех возможных пар строк истолбцов.


Далеко не все пары трансверсалей являются интересными, однакопроверять необходимо все, при этом пары (T[i], T[j]) и (T[j], T[i]) проверятьдважды смысла нет, что при изображении соответствия трансверсалей в видебинарной матрицы (0 — не подходят, 1 — подходят) приводит к необходимостиобхода не всей матрицы, а ее половины — верхней или нижней треугольнойподматрицы (для определенности обходится верхняя). В программировании этообычное дело, применяется очень часто в ряде алгоритмов, псевдокод выглядит примернотак:


for (int i = 0; i <NT; i++)
for (int j = i+1; j< NT; j++)...


Если код работает долго, значит его необходимо разбивать на кускии запускать их параллельно (в нашем случае — распределенно в проекте попринципу "1 кусок — 1 WU'шка"). Простейшим способом распараллеливанияявляется разбиение по внешнему циклу (по i), однако здесь есть проблема: втаком случае в каждой WU'шке потребуется хранить полное множество трансверсалей(для порядка N=13 их уже бывает более миллиона, для бОльших порядков их будетсильно больше, см. https://oeis.org/A287644), что потребует минимум сотен МБ —единиц-десятков ГБ оперативной памяти на WU.


Более подходящей видится следующая стратегия: матрица разбиваетсяна квадраты заданного размера K x K, одна WU'шка производит обработку одногоквадрата (см. рис., на нем изображен один из самых легких ДЛК с 43 тыс.трансверсалей и разбиение на WU'шки по 20 тыс. x 20 тыс. трансверсалей вквадрате, всего 6 WU'шек). При этом возникает ряд нюансов, но они терпимые илегко реализуются в коде. К ним относятся:


* необходимость построения разбиения на квадраты, некоторые изкоторых частично попадают под главную диагональ (на рисунке изображеныоранжевым) — в составе соответствующих WU'шек необходима проверка и отсечениепар трансверсалей из нижней треугольной подматрицы (красные квадраты ипрямоугольники обрабатываются полностью);


* наличие маленьких прямоугольников и квадратов по краям (им будутсоответствовать более короткие WU'шки с рядом дополнительных проверок, чтобы невылезти за пределы анализируемой области вправо и вниз);


* обходимость хранения множества трансверсалей по кускам (точнее,в два куска в диапазонах [x; x+K] и [y; y+K], (x,y) — координаты верхнеголевого угла анализируемого квадрата/прямоугольника, диапазоны иногда могут пересекаться(в данной задаче — совпадать полностью, в перспективных задачах поэвристической работе со спектрами — частично пересекаться)).


Неоспоримым плюсом подхода является его универсальность: наквадраты можно разбить как легкие, так и тяжелые ДЛК, в последнем случае простоквадратов будет больше (для топового ДЛК порядка 13 — около 2500 при текущемразбиении), возможно управлять средним временем счета WU'шек и затратами памятипутем изменения размера квадрата K (критичным в данной задаче является именновремя счета, которое в проекте не желательно делать как сильно маленьким(минуты и меньше), так и сильно большим (десятки часов), затраты памятиприемлемые).


Кроме описанного выше распараллеливание также сделано попарастрофическим преобразованиям (по 3 на ДЛК из 6 возможных, транспонированиеисключено, т.к. оно дает ДЛК из того же главного класса и не интересно) и т.н.slice'ам для каждого из них (тоже 3, итого 9 комбинаций), в данном случае всетривиально в плане распараллеливания.


Вчера в проект была добавлена новая версия расчетного модуля свключенным рядом отладочных проверок и чуть более чем 10 тыс. WU'шек для 200наиболее легких ДЛК с целью тестирования корректности кода и анализа затратвремени. В настоящее время выполняется досчет хвостов, после чего можно будетприступать к более подробному анализу, однако уже сейчас видно, что вроде всеболее-менее норм. Среднее время счета у меня на Core i7 4770 было в районе 7-8минут, максимальное — около 20 минут для K=20000. В перспективе K будет немногоувеличено, WU'шки немного потяжелеют и расчет будет запущен в боевом режиме.Досчитываем хвосты и считаем другие подпроекты...


PS. Применение распределенной диагонализации отнюдь неограничивается рассмотренным выше экспериментом, который мы будем выполнять вближайшие недели. В перспективе оно планируется к использованию как для сдвигаверхних и нижних границ для некоторых оценок, так и в составе следующей серииэвристических алгоритмов расширения текущих спектров, когда текущая серияотработает и спектры перестанут меняться.


PPS. При организации подобного распределенного расчета в грид естьеще один нюанс, связанный с построением необходимого множества трансверсалей.Его можно однократно получить в процессе генерации WU'шек, а затем передать наклиент, а можно получить первым этапом при счете WU'шки.


В данном экспериментевыбран первый вариант (на генерацию нужных трансверсалей теряем 1-2 секунды вкаждой WU'шке, зато экономим несколько сотен КБ исходных данных WU'шки (а онисперва генерируются, потом хранятся в одной из таблиц БД на сервере проекта,затем передаются на клиент, копируются/мапятся в папку слота при стартерасчета)). В перспективе с ростом размерности вполне вероятна ситуация, вкоторой получение нужных подмножеств трансверсалей подобным образом в каждойWU'шке станет неприемлемо долгим и придется перейти ко второму варианту...


Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вамсюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

[Programma_Boinc]

Добровольные вычисления в SiDock@home

Новая мишень - "corona_RdRp_v2".

В проекте завершается обработка мишени "corona_TMPRSS2_v1" и уже начали рассылаться задания для новой, 22-й мишени, названной "corona_RdRp_v2".

RdRp (сокращение от "RNA-dependent RNA polymerase") - это фермент, обеспечивающий репликацию РНК вируса. Ранее, в виде мишени № 4, уже производилось его первоначальное исследование, а теперь будет изучаться взаимодействие лигандов с одним из участков этого фермента - NCP12, который отвечает за транскрипцию очень важных генов и, в итоге, за репликацию генома вируса. Исследуемый участок отвечает за связывание аминокислот в цепь РНК. Ранее исследовалась возможность подавления его работы такими соединениями как ремдесивир, галидесивир, молнупиравир и др.

Больше вы можете прочитать в Wiki:
https://ru.wikipedia.org/wiki/РНК-зависимая_РНК-полим..
https://ru.wikipedia.org/wiki/Рибонуклеиновая_кислота
https://ru.wikipedia.org/wiki/Транскрипция_(биология)

или следующих статьях:
Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase:
https://doi.org/10.1038/s41586-020-2368-8

Identification of novel SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp) inhibitors: From in silico screening to experimentally validated inhibitory activity:
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.02.001

RNA dependent RNA polymerase (RdRp) as a drug target for SARS-CoV2:
https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1875886

Ribavirin, Remdesivir, Sofosbuvir, Galidesivir, and Tenofovir against SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp): A molecular docking study:
https://doi.org/10.1016/j.lfs.2020.117592

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

[Programma_Boinc]

Волонтеры участвуют в Rosetta@Home, чтобы остановить COVID-19

[Velsh]

[ухожу]

велш открыл для себя новые мультики

[Programma_Boinc]

Астроэнтузиасты, добровольцы и волонтеры помогут Gaia найти переменные звезды