Shredder's Revenge выполнена в стиле мультсериала 80-х годов прошлого века, с явным прицелом на взрослую аудиторию, помнящую первую адаптацию комиксов Кевина Истмена и Питера Лэрда. По сюжету игры на Шестой канал, где работает репортер Эйприл О’Нил, совершают нападение Бибоп и Рокстеди по приказу Крэнга и Шредера, заклятого врага четверки братьев и их учителя Сплинтера. Команда героев отправляется на поиски похищенного устройства.
Всего доступно семь персонажей. Помимо Леонардо, Донателло, Рафаэля и Микеланджело, можно играть за Сплинтера, Кейси Джонса и Эйприл. У каждого героя свой набор движений и приемов. Игра поддерживает кооператив до четырех человек.