Вопрос как понятно по заголовку идёт об хронологии событий игры Prototype 1 и 2.
Начало - момент когда Мерсер проснулся в морге и конец игры, когда он унёс ядерную бомбу в океан и взорвал, после восстановившись.
Начало событий 2-ой части, когда Джеймс вместе со своим отрядом попал в Красную Зону, где БТР который перевозил их, перевернуло что-то или кто-то (я уже не помню).