Нашел решение проблемы, может поможет еще кому.

Через настройки в лаунчере джойстик, как оказалось, все корректно калибруется, но вот сами настройки сохраняются не туда куда нужно.
Программа настройки сохраняет файл в следующем месте
Каталог_игры\UNREAL3\DCGAME\SaveData\settings.xml

Его необходимо скопировать в папку
\Users\Имя_пользователя_винды\Documents\My Games\DC Universe Online\DCGame\SaveData\settings.xml

Естественно после любых изменений в настройках, файл нужно ручками заново копировать.

з.ы. Видать разработчики очень левой пяткой пишут задания программерам.
з.ы.ы. Тяжело быть невнимательным. Уже заметил ответ в FAQ который умудрился прочесть два раза, но не обратить внимание на раздел по джойстику.